自考生的学籍档案应存放在自考生本人的人事档案中，归属于你地方的人事档案局。自考属于社会性考试，考试机构只负责学籍管理，不负责人事档案管理。自考生从注册报考之日起，在市自考考试办的系统中生成学籍档案，并且该档案长期有效。
当自考生获得毕业证书时，市自考办会将毕业证书与学籍档案一并交给考生，考生需要自行妥善保管学籍档案，否则责任自负。就职的自考生若工作单位具备人事档案管理部门，可以将学籍档案材料存放在单位中。
自学本科档案包含了自学考试期间所有合格的自学考试本科或专科课程成绩、实践论文成绩、个人信息以及省自考办和主考院校共同对毕业生的毕业审定结论和盖章等相关内容。同时，它也是自学考试本科毕业生申请考研或国家及地方公务员招录时重要的人事档案和调档凭证。如果半年后自学考试本科毕业生获得主考院校颁发的学士学位证书，还会得到一份学士学位审定表，上面盖有主考院校的章，并与毕业生登记表合并，成为自学考试本科生的最终毕业档案。
自考本科或专科毕业档案通常需要省自考办和主考院校共同签署并盖章才能有效，一般有三份，省自考办和主考院校各留一份，另一份由考生本人交给所在单位或人事考试中心进行存档。
自考生不是全日制考生，档案应存放在户口所在地。可以前往户口所在地的人事档案局进行咨询和查询。档案中包含了自学考试期间所有合格的自学考试本科或专科课程成绩、实践论文成绩、个人信息以及省自考办和主考院校共同对毕业生的毕业审定结论和盖章等相关内容。同时，它也是自学考试本科毕业生申请考研或国家及地方公务员招录时重要的人事档案和调档凭证。如果半年后自学考试本科毕业生获得主考院校颁发的学士学位证书，还会得到一份学士学位审定表，上面盖有主考院校的章，并与毕业生登记表合并，成为自学考试本科生的最终毕业档案。
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